社保一档、二档、三档主要在缴费、待遇等方面存在区别。
在缴费方面，以深圳为例，基本医疗保险一档的缴费比例为8.2%（其中单位缴交6.2%，个人缴交2% ），缴费基数为职工月工资总额。基本医疗保险二档缴费比例为0.8%（其中单位缴交0.6%，个人缴交0.2% ），缴费基数为上年度在岗职工月平均工资。基本医疗保险三档缴费比例为0.55%（其中单位缴交0.45%，个人缴交0.1% ），缴费基数同样是上年度在岗职工月平均工资。这体现出不同档次缴费金额差异较大，一档缴费通常较高，二档、三档相对较低。
从门诊待遇来看，一档参保人个人账户用于支付参保人普通门诊医保目录范围内的医疗费用，在本市定点社康中心发生的费用，70%由个人账户支付，30%由统筹基金按规定支付。二档和三档参保人在选定的社康中心就医，属于基本医疗保险药品目录中甲类药品和乙类药品的，分别由社区门诊统筹基金按80%和60%的比例支付；属于基本医疗保险目录内单项诊疗项目或医用材料的，由社区门诊统筹基金支付90%，但最高支付金额不超过120元。
住院待遇方面，一档、二档参保人住院发生的基本医疗费用和地方补充医疗费用起付标准以上部分，按规定支付95%或90%。三档参保人在不同医院住院，报销比例会低一些，如在一级医院、二级医院、三级医院住院，支付比例分别为85%、80%、75%。
法律依据主要是各地根据《中华人民共和国社会保险法》制定的医疗保险相关规定，各地会依据当地实际情况对社保各档次的具体政策进行调整和细化。